马来西亚地处太平洋、印度洋和亚洲、大洋洲相交的十字路口。马来西亚扼守南中国海和马六甲海峡，尤其是马六甲海峡是通航历史最悠久、航运量最大、最繁忙的海峡之一，地缘位置极为重要。
一、马来西亚地缘优势
马来西亚地处两大洲、两大洋相交的十字中心。南北连接亚洲和大洋洲，东西则通太平洋和印度洋洋，处于十分有利的地理位置。特别是马来半岛西临著名的马六甲海峡。
马六甲海峡是连接太平洋和印度洋的水上重要通道，从北纬6度延伸到北纬1度。北接印度洋的安达曼海，南与太平洋的南海相连，全长公里。这里大部分时间风平浪静，有利于船只航行，是世界上通航历史最悠久、航运量最大、最繁忙的海峡之一，平均每日轮船穿行量至少在艘以上，其中约50%为载油轮。可以说，马来西亚所处的位置正好是扼两大洋之间交通的咽喉，所以不仅有利于其经济的发展，而且在战略上也处于极其有利的位置。
马来西亚地缘劣势
马来西亚被印尼纳土纳群岛分隔为两个部分：位于马来半岛的西马来西亚，北接泰国，南部隔着柔佛海峡，以第二通道连接新加坡；东马来西亚，位于加里曼丹岛的北部，南接印尼。
东马虽然濒临苏禄海、西里伯斯海，却由于菲律宾和印尼的阻隔，必须通过重重岛屿和海峡才能通往太平洋。由于美英殖民地条约，菲律宾海上界限离东马沙巴州海岸线非常近，束缚了沙巴州面向海洋发展。
西马由于受印尼群岛和印度安达曼群岛阻隔，不与印度洋直接接壤。在战时，马来西亚面临德国一样的地缘环境而不能自由进出大洋。
二、印度文明时期
印度文明对马来群岛的影响，至少可追溯至公元前3世纪。古代印度人称马来半岛为黄金半岛。印度商人来到马来群岛购买丰富的森林和海洋产品，并与和当时来到这里的华人商人进行贸易往来。华人与印度人在2世纪与3世纪在此区域建立许多贸易港与城镇，依据中国史料记载，数量多达30个。在公元的最初几个世纪，马来半岛的人们信仰佛教等宗教。1世纪时佛教和印度教均在马来立足，并从这里传布到整个群岛。
三、柬埔寨统治时期
在2世纪与3世纪有为数众多的马来王国，依据中国史书记载达30个。已知最早在现今马来西亚地区立基的王国是古代帝国狼牙脩，位于马来半岛北方的珍尼湖附近。它与位于柬埔寨的扶南有着紧密关联，扶南统治马来西亚北部直到6世纪为止。高棉帝国王子在7世纪于木威创立刚迦王国。5世纪的中国史书提到南方的一座大港，位于之马六甲海峡中。在7世纪，史书记载有一个新港口名为“室利佛逝”，据信这是当时唐朝对三佛齐的称号。
四、三佛齐王国统一马来亚
在7世纪到13世纪之间，马来半岛的许多地区由三佛齐王国所统治。三佛齐的国王统治着一个由苏门达腊的滨海地区、马来半岛和婆罗洲所组成的、松散的海上王国达年。其中有部分时间，三佛齐也控制爪哇岛部分地区，不过爪哇岛上的各个小王国始终抗拒三佛齐的霸权统治。
三佛齐是一个商业国家，欢迎每年一度来自中国和印度的船队到这里来做生意，有时甚至有从日本、阿拉伯和伊朗的船只到达。三佛齐最大的敌人是北方的泰国，暹罗多次试图从北部征服三佛齐。为了与中国结盟以对抗这些敌人，三佛齐向中国皇帝进贡，但从未受中国统治。
从10世纪之后，三佛齐的势力开始减弱，它与爪哇的一系列战争显然削弱其商业发展，并导致国力衰敝。在11世纪，一支称为莫罗谕的敌对势力开始与三佛齐对抗。与此同时，伊斯兰教的普及也削弱了信印度教的三佛齐国王的势力。最早皈依伊斯兰教的地区如亚齐脱离了三佛齐的统治。13世纪末，泰国控制了马来半岛大部分地区。
五、印尼满者伯夷王朝消灭三佛齐王国
满者伯夷的兴起与元军入侵爪哇有着密切的关系，年元至元二十九年，元世祖忽必烈命史弼、亦黑迷失、高兴率领一千艘战舰组成的海军，一年军粮从福建泉州渡海，登陆爪哇，和克塔拉亚萨联合攻打贾亚卡特望，灭信诃沙里国。满者伯夷国王拉登甲亮随后反戈，打退元军，统一爪哇，建立了满者伯夷。
满者伯夷王朝是在其建立后约四十年，才进入发展、强盛时期。格尔达拉阔沙统治时期，比较稳定。对内对有功之臣授以高位和采邑，对外主动与元朝修好。
年格尔达拉阔沙死后，其子闍耶纳加拉（-）继承王位。那些功臣对格尔达拉阔沙给的报酬和其子闍耶纳加拉统治感到不满。所以东爪哇发生一系列叛乱。其中影响最大的叛乱：年古蒂领导的叛乱。他占领了都城，国王在一支15人组成的卫队下逃亡到巴丹德尔。但是国王依靠这支军队最后平息叛乱，重返都城。这场平息叛乱的主要人物加查·马达得到重用,升为卡胡里潘的巴迪不久又升为谅义里的巴迪。
满者伯夷的巴迪：国王把国家的行政机关完全托付给他去管理。年，国王被害。卡耶特里继承王位。因她已出家为尼姑,故由其长女特里布婆那当摄政王，王国的政局趋于稳定。年由女摄政王的儿子哈奄·务禄（-）继承王位。在他执政期间，是满者伯夷王朝的黄金时代。
满者伯夷王朝发展到最高峰，以爪哇岛的政治、经济为中心的统一政权的封建国家已形成，并为以后的印度尼西亚奠定了基础。成为印度尼西亚历史上最强大的王国和当时东南亚的海上大帝国。满者伯夷强大的表现在势力范围迅速扩大，有一个相当规模的中央集权机构，社会经济明显发展，东爪哇成为新的贸易中心。在爪哇岛外部地区，属国是由代表满者伯夷国王的当地酋长或头人管理。除了巴厘岛，其余所有岛屿也仿照爪哇岛的地方模式建立行政机构，以维护满者伯夷的统治。西部，占有苏门答腊岛的大部分和马来半岛的六坤以南；东部，包括从巴厘岛至帝坟岛的各岛、苏拉威西岛南部、马鲁古群岛、班达群岛；北部，及于加里曼丹岛沿岸等地区。这范围大大超过现在印度尼西亚的版图。
满者伯夷王朝在哈奄·务禄统治期间，国势发展到最高峰，成为东南亚强大的帝国。这主要是加查·马达制定并执行的对外、对内政策的结果。因此满者伯夷王朝在哈奄·务禄时期，取代了三佛齐，成为强盛的海上大帝国和贸易中心，是当时东南亚历史发生重大变革时期的重要内容。年，他镇压麦苏基地区的沙登和克达两地的起义，被提升为满者伯夷的巴迪。在宫廷会议上发誓在他未征服各岛屿以前，他是不会安乐的，受到许多大臣嘲笑。但是，他的抱负一直是得到以女摄政王特里布婆那为首的七王的支持。从那时开始至哈奄·务禄时期，他实现了把满者伯夷建成海上大帝国的抱负。
哈奄·务禄的正妃没有儿子，只生了一个女儿.这位公主和威格拉玛·瓦尔达拿已结婚，根据女系同样有继承权的传统习惯，这位公主的丈夫、国王的驸马，实际上就是哈奄·务禄的王位继承人，成为爪哇西王。哈奄·务禄的侧室生了一个儿子，名叫威拉布弥。哈奄·务禄派这个儿子作为东爪哇的统治者并与威格拉玛·瓦尔达拿的妹妹结婚。年哈奄·务禄死后，威拉布弥便将其父王给的领地作为独立王国来统治，成为爪哇东王。
历年来东、西爪哇王的明争暗斗，年由于威格拉玛·瓦尔达拿独生儿子的早逝，使得继位问题成为东、西二王构兵的导火素,双方的内战从年开始，持续了六年之久。由于爪哇东、西二王的连年内战，极大地削弱了满者伯夷王朝对其属地属国的控制能力，以致于新兴的满刺加王国,以其国王是为旧港王族后裔之故，假借朝命向满者伯夷索还旧港故地。
步入十五世纪中叶，满者伯夷王朝的势力由于其属地属国逐渐摆脱其控制而日趋势微。史籍记载信奉印度教的满者伯夷王国，直到年才最后为信奉伊期兰教的淡目国所灭，但实际上自年满者伯夷最后一个国王布腊威查亚逝世后，统一的满者伯夷王国就已名存实亡。
六、马六甲苏丹王朝复国
位于马来半岛西岸的马六甲港口，是由来自三佛齐皇室的一位王子约在年建立的。敌国征服巨港，导致他和其他人逃离。拜里米苏拉特别航向淡马锡(现在的新加坡)以逃避迫害。他受到来自北大年，由泰国国王指派为淡马锡统治者的马来苏丹所保护。不到几天，拜里米苏拉就杀害苏丹，自立为统治者。大约五年后，由于暹罗势力进逼，他被迫离开淡马锡。在这段期间，有一支来自满者伯夷的爪哇人舰队曾攻击淡马锡。
拜里米苏拉向北前进，以建立一个新的根据地。在麻坡，拜里米苏拉考虑将他的新王国建立在BiawakBusuk或KotaBuruk。在发现麻坡的地点并不合适后，他继续往北走。据信他在沿路曾造访芙蓉市，随后到达Bertam河的河口，建立了马六甲王朝。历经时间演变，这个地方发展成今天的马六甲。
马六甲建国时，中国派出舰队以扩展贸易。永乐元年，明朝使者造访马六甲，拜里米苏拉遣使入贡，明成祖承认他是马六甲合法统治者的地位，封他为满刺加国王。为了交换定期的进贡，中国皇帝提供马六甲保护，以抵抗暹罗的不断威胁，随后郑和船队七下西洋时也多次在马六甲停留。年，拜里米苏拉还率妻子陪臣五百四十余人与郑和入贡明朝，答谢明成祖，“学习中国文化”。
马六甲很快就占据了过去三佛齐所统治地区，与中国建立了独立的外交关系，并控制中国通向印度的海上贸易道路。由于蒙古扩张，这时从中国通向西方陆路被阻，这条海上贸易通道就变得越来越重要。马六甲建国后数年内，正式采行伊斯兰教，其国王称号由拉贾改为苏丹。马六甲王朝的政治势力帮助伊斯兰教传遍马来群岛，马六甲当时身为马来亚半岛最繁盛的王国，使这个信仰得以传播到邻国。虽然马六甲王朝只维持一个多世纪，但它被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，马六甲苏丹成为所有后继的马来统治者的榜样。
七、葡萄牙入侵马六甲
奥斯曼帝国兴起阻断了欧洲与亚洲之间的陆路贸易路线，而且与东南亚的贸易受到阿拉伯商人所垄断，迫使欧洲国家寻找一条通向印度的海路。葡萄牙派阿方索·迪·阿不奎带领远征舰队来到马来亚，经过一个月围攻，于同年7月占领了马六甲。马六甲成为葡萄牙在东方活动的核心据点。
马六甲王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并在那里建立了一个新的国家，柔佛苏丹王朝。马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家。16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现了锡矿，透过锡的出口，霹雳变得富强起来。欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。葡萄牙控制了对盛产香料的摩鹿加群岛的贸易。
八、荷兰入侵马六甲
在17世纪初，荷兰建立了荷兰东印度公司，一开始建立在印尼的摩鹿加群岛的贸易，他们很快就占据了爪哇岛上较弱的苏丹国，年建立巴达维亚为他们的首府。他们从巴达维亚扩展势力到马来群岛，与柔佛结盟来对付他们的主要敌人：马六甲的葡萄牙人和强大的亚齐苏丹国。年，在数次尝试后，荷兰与柔佛的联军终于攻占马六甲，终结了葡萄牙统治，葡萄牙仅剩下葡属东帝汶。在荷兰支持下，柔佛在马来亚各个苏丹国之间，获得一个松散的霸权地位，只有霹雳例外，它能够周旋于柔佛和暹罗之间，并保持其独立。
这段期间，马来亚各苏丹国的虚弱，为从其它地区人民移入这些马来故土创造了条件。从印尼东部来的布吉人海盗经常袭击马来亚海岸地区。年他们刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他布吉人控制了雪兰莪。从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，最终建立了自己的国家森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空。泰国部分填补了这个空缺，将北部的五个马来国家——吉达、吉兰丹、北大年、玻璃市和家登楼——变成自己的属国。柔佛覆灭也让霹雳成为马来亚苏丹国之中的领导者。
九、英国入侵马来亚
从17世纪开始，英国商人就现身于马来亚水域，但直到18世纪中期，以英属印度为基地的东印度公司才开始对马来亚事务真正感兴趣。由于与中国贸易增加，它需要在马来亚地区设立基地。虽然曾使用不同岛屿为基地，但直到年，向吉打苏丹租借了槟城，英国才拥有第一个长久基地。此后英国又在槟城对岸的大陆上租借了一大片土地（称为威省）。
年在拿破仑战争期间，英国人唯恐荷属马六甲为法国舰队所利用，乃加以接管，到年才交还荷兰。英国总督莱佛士寻找一个替代基地。年2月，他从柔佛苏丹手中获得了新加坡。
年荷伦条约签订后，荷人同意以马六甲跟英国人交给换苏门答腊的明古连岛。槟城和新加坡这两个基地，加上荷兰没落，造就英国支配马来亚。随着马来亚畏惧泰国扩张，英国影响与日俱增。19世纪，马来苏丹成为英国忠实盟友。
十、英属马来亚与婆罗洲
年英国与荷兰签署年英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，同时也决定了当代马来西亚的雏形。荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对印尼剩余地区的利益。这个瓜分在马来亚地区划了一条人为界限，这条界线遗留至今。
年，英国把槟城(即槟榔屿)、马六甲、新加坡与纳闽岛联合组成了海峡殖民地。海峡殖民地最初由位于加尔各答的东印度公司所管理，其后槟城与新加坡先后成为这个殖民地行政中心。直到年，其行政权由印度总督移交给伦敦的殖民地事务大臣管理。华侨习惯称其为“叻屿岛甲”或“三州府”。
在19世纪，英国与马来亚的其它苏丹国签署协议，在这些国家中设立代办，帮助苏丹管理其国事，这些代办很快就成为这些国家的真正统治者。对英国投资者来说，拥有锡矿的霹雳的政治稳定是最重要的，因此霹雳成为第一个与英国签署协议同意英国管理的苏丹国。柔佛是最顽强的苏丹国，一直到年才放弃其独立性。
年7月，彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰合组为马来联邦，接受英国保护，华侨习惯称其为“四州府”，实际上属于英国控制范围。
年2月，英国迫使泰国同意将吉打、吉兰丹、玻璃市和家登楼让给英国。（暹罗保留了对北大年苏丹国控制。今天泰国南部依然有一小支穆斯林少数民族，其独立运动为泰国政府带来不少麻烦）。柔佛苏丹苏丹直到年才接纳一位英国代办。先前属于泰国的四个州以及柔佛合称马来属邦。
19世纪后半部，英国还获得了对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制。这个地区东部（今天的沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治。其余部分则是文莱苏丹统治地。
年，英国探险家布鲁克从文莱苏丹手中租借了古晋，并称自己为沙捞越的“白色拉者”。此后他不断从文莱手上取得领土。婆罗洲东北部被英国商人殖民。
年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督。西属菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙巴主权的理由。年文莱成为英国保护国，年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。
年英国对马来群岛领土的统治模式成形：
海峡殖民地成为英国直辖殖民地，由受伦敦的殖民地事务大臣监督的总督管理。这个领地的所有的代办（参政司）均是英国公民。
马来联邦由最早接受英国参政司的四个苏丹国，即霹雳、雪兰莪、森美兰和彭亨组成了。名义上它们依然独立，但是从年开始受一个英国“总参政司”管理，实际上已成为英国殖民地。
马来属邦由柔佛、吉打、吉兰丹、玻璃市和登家楼组成，各国享有较大独立性，不过它们也无法阻挡英国代办意愿。英国最紧密的马来盟国柔佛拥有自己的宪法特权，规定苏丹有任命内阁的权利，不过实际上每次苏丹必须先与英国讨论他的任命。
年设立马来联邦会议，由马来联邦最高专员兼任议长，各邦的法律均由联邦会议通过，然后交付各邦苏丹执行。各邦的最高行政机关为邦务会议，由各邦苏丹兼任主席。英国派驻在各邦的驻扎官为当然议员，负责征收捐税，决定立法措施等。事实上，在决定具有实际意义的问题时，苏丹是英国驻扎官和顾问手中顾从的工具。年，联邦会议改组，苏丹不再参加。年，苏丹权力有所恢复。
十一、日本入侵马来亚
年12月，日本偷袭珍珠港，在马来亚的英国人可说是完全措手不及。在年代，英国为了对付逐渐增强的日本海军威胁，在新加坡建立了一个庞大的海军基地，但完全没有料想到日本是从泰国入侵马来亚。由于欧洲战场的需要，英国在远东实际上没有空军战力。因此日本可从法属中南半岛的基地发动攻击，而不会受到抵抗。
虽然英国、澳大利亚和英属印度军队的顽强抵抗，但日本在两个月内就占据了马来亚。年2月15日，新加坡上的英联邦军队投降。这是英国无法弥补的声誉损失。英属北婆罗洲、砂拉越和文莱也被日本所占领。
年英国人回到马来亚时，最高兴就属马来人。但时局并未如停留在英国人战前情况，而且一股追求独立的渴望正在增长。英国本土破产，新的英国工党政府主张尽快撤出东方。殖民地逐步自治和走向独立成为英国新政策。横扫亚洲各地的民族主义浪潮很快到了马来亚。战后回到马来亚的英国人，发现这个地方处于内战边缘。
十二、马来亚走向独立
年英国宣布了一个组织马来亚联邦的计划，这将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国，加上槟城和马六甲合组为马来亚联邦，并在数年后独立。这个计划遭到马来人强力反对，因为它削弱了马来统治者的地位，而且将公民权赋予少数民族。一开始苏丹们支持这个计划，但后来又转为反对这个计划，并让自己领导这股反对力量。
同年3月，在柔佛首席部长奥恩·加法尔的领导下，马来人组织成立了巫人联合统一机构。巫统支持马来亚独立，条件是这个新国家完全由马来人掌管。面对马来半岛陷入内战，为了分而治之拉拢马来人，英国放弃了平等公民权的计划。因此，马来亚联邦在年解散。代之以在年2月协议成立马来亚联合邦。在英国保护下，马来苏丹国各统治者恢复了自治权。
经过各派努力，同意国家元首由马来亚苏丹轮流担任，马来语成为国语，促进和资助马来人的教育和经济发展。实际上这个协议意味着马来亚将由马来人治理，特别是由于他们继续主导著管理机构、警察和军队，其它种族在内阁和议会中将会具有合乎比例的代表，并治理他们占多数的州属，而且经济地位受到保护。谁来控制教育系统是个非常棘手的问题，一直拖延到独立后都没解决。年8月31日东古阿卜杜勒·拉赫曼成为独立的马来亚的第一位总理。
十三、马来西亚联邦成立
马来亚独立后，这个区域还有其它英国领地的前途悬而未决。日本投降后，布鲁克家族和英国北婆罗洲公司分别放弃了对砂拉越和沙巴的控制，这些地区成为英国皇家殖民地。相较于马来亚，这些地区的经济发展落后得多，当地的政治领袖过于软弱，而未寻求独立。而且这些地区与马来亚的文化区别也相当大。新加坡于年获得自主权，年李光耀成为新加坡首席部长。盛产石油的文莱苏丹国依然是英国附属。
年东古阿卜杜勒·拉赫曼赞成建立“马来西亚”的构想，马来西亚将包括曾是英国海外领地的文莱、马来亚、沙巴、沙捞越和新加坡。为了平衡种族比例，在文莱、沙巴与砂拉越纳入这个新国家之后，它们的马来人及土著人口，将可抵消新加坡优势。
在年的英联邦首席部长联合会议，东古阿卜杜勒·拉赫曼向他的反对者进一步阐述这个计划。10月，英国政府批准这个计划，条件是必须取得参与这项合并计划的地区同意。葛波率领葛波委员会前往婆罗洲研究当地居民意见，认为沙巴和砂拉越同意合并，但在文莱则有许多人反对。在新加坡的投票中70%的人赞成合并，条件是新加坡政府获得实质的自主权。文莱苏丹退出这项参组马来西亚的计划，这是由于来自多数人民的反对、关于石油利润分配比例的争执，以及关于合并后苏丹的地位等等因素。此外，文莱的人民党发动武装革命，被视为这个新国家潜在的不稳定因素。
英国政府讨论葛波委员会的报告后，又设立委员会来起草马来西亚宪法的草稿。最后出炉的新宪法草案与年的马来亚宪法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先对于马来人特殊地位的认定，扩及到砂拉越与沙巴的所有土著。新加坡、砂拉越与沙巴这三个新加入的国，也被赋予某些自主权，这是原先的九个马来亚州署所没有的，因为新加坡、砂拉越与沙巴是以国的地位与马来亚联邦共同组成马来西亚联邦。年7月的谈判结束后，决定马来西亚联邦将于年8月31日正式成立，这天恰好是马来亚独立以及英国赋予新加坡和沙巴自治权的纪念日。然而，菲律宾和印度尼西亚强烈反对这个事态发展，印度尼西亚称马来西亚为新殖民主义的代表，而菲律宾则强调沙巴是它的领土。印尼总统提出反对，延迟了马来西亚的成立。基于这些因素，联合国组成一个八人代表团造访砂拉越与沙巴，确认他们参组马来西亚的意愿。
马来西亚正式于年9月16日成立，由马来亚、沙巴、砂拉越与新加坡共同组成。当年的马来西亚人口约一千万人。
十四、新加坡退出马来西亚
第二次世界大战之后，在非殖民化的浪潮中，英国选择从东南亚撤退。年3月15日，艾德礼首相无奈宣告，“把过去的公式应用到目前的形势是不行的”，“年的局面不是年、年或甚至年的局面了”。
一方面，英国把马来半岛上战前分散的海峡殖民地、马来联邦和马来属邦的行政管理权集中起来组成马来亚联邦。经过十二年的“非殖民化”进程后，年8月31日马来亚宣告独立。另一方面，新加坡则从战前的海峡殖民地划分出来成为英国的直辖殖民地，逐渐实现了内部自治。
新加坡与马来半岛之间仅隔着柔佛海峡，在历史、政治、经济、军事、社会文化等各个方面是天然的整体，两者的分离，“就像心脏少了躯体一样”。尽管二战后被人为地分隔为两个独立的政治单元，两地依然保持着密切的关系。合并的支持者相信新加坡与马来亚的政治合并，将有利于在两地建立一个共同市场。无疑，对于资源匮乏的新加坡而言，马来亚是其最理想的经济腹地和产品销售市场。
年5月27日，马来亚首相东姑·阿都·拉曼正式提出了“马来西亚计划”，主张建立一个包括马来亚、新加坡、文莱、沙巴、砂拉越的大联盟（故称“大马”），期望把上述各区结合成一个新兴的强大经济实体。以取长补短，互通有无，消除各地之间的贸易壁垒与经济竞争；另一方面各地区（尤其是富庶的新加坡）都将向中央政府上交一定的财政税收，可以弥补濒临破产的吉隆坡政府的财政赤字。对此，新加坡政府立刻表示欢迎。在经过两年的磋商和斗争后，新、马、沙、砂四地（文莱最后选择退出）最终于年9月16日组成了马来西亚联邦。
可是，马来西亚联邦成立没多久，新马间的蜜月便为彼此间的龃龉取代。经济问题首当其冲，一方面，对于新加坡而言，“马来亚要我们上缴40%的关税收入给中央政府，协助婆罗洲及砂拉越的防务，而我们的货物如果不能推销到我们协助的地区，这是极不合理的。”同样按照新加坡总理李光耀的话说，“如果没有共同市场，马来西亚也就失去了其存在的意义。”
另一方面，新加坡是大马内收入最多而负担最轻的一个州，中央政府希望将新加坡上缴中央的税收比例从已经很高的40%进一步提升到骇人的60%。由于马来亚的工业基础非常薄弱，按照马来西亚财政部长陈修信的说法：“共同市场带来的一个不可避免的结果便是，新加坡的工业发展要以牺牲马来西亚其他部分的利益为代价。这是吉隆坡无论如何不能接受的。”结果，建立共同市场变得遥遥无期，而新加坡上缴中央的税款也时常遭到拖延，这一局面可谓“双输”。
被建立马来西亚联邦这一共同目标暂时掩盖的政治分歧很快也浮出了水面。作为限制新加坡政治家影响力的手段，马来西亚宪法规定新加坡公民不能参加马来亚的大选，马来亚的公民也不能到新加坡从政，但这却不阻止马来亚或新加坡的政党把自己的势力扩展到对方地盘。马来亚的主要政党在年组成了新加坡联盟，并参加了年的新加坡大选。
年，新加坡方面还以颜色，这年的3月1日，新加坡执政党人民行动党宣布成为一个全国性的政党，参加3月份的马来西亚大选。虽然人民行动党声称自己只是象征性参选（只竞选9个国会席位），但是，人民行动党既然把自己定位成一个全国性政党，如果成为执政党，李光耀必然成为首相——虽然李光耀本人反复表白自己没有政治野心，“……只要东姑在那里，他就是马来西亚的领导人”。
因此，人民行动党参加马来西亚大选本身不啻是在大马政坛投下一颗政治原子弹。在马来西亚首相东姑看来，李光耀这个强大的政治对手迟早有一天会取代自己的位置。
大选过后，新加坡与吉隆坡的关系急转直下。陈修信攻击李光耀和行动党是马来亚和马来西亚历史上最大的破坏性力量，只要李光耀还是新加坡的总理，中央政府与新加坡政府之间的合作比骆驼穿过针孔还要困难。而马来种族主义极端分子更是趁势通过演讲和报章报道把新加坡的马来人描绘成一个受政府压迫的可怜民族。
恶意误导性宣传将年7月21日变成为新加坡历史上的“黑色星期二”。当天，伊斯兰教先知穆罕默德诞辰纪念日的游行演变成了可怕的种族暴动。马来人在维护民族与宗教利益的口号下，导致整个新加坡陷入了恐怖的混乱之中。澳大利亚驻新加坡副专员在向堪培拉提呈的报告中称“毫无疑问，新加坡发生暴乱的责任应该明确地落在巫统头上。巫统成员发起了种族主义运动，并任由这种运动发展”。
年5月3日，李光耀极具争议的讲话给了暴乱后已经奄奄一息的新马关系致命一击，彻底摧毁了和解的最后一丝希望，他声称“马来人……三分之一的新移民是最近年内移来的”。这并不是在单纯地谈论移民问题，而是在强调马来西亚的三个种族都不能说比其他种族更具有土著性。马来社区认为这是对他们的马来人特权、马来语作为国语、伊斯兰教作为国教以及本土家园观念的挑战。
巫统内的激进分子甚至主张逮捕李光耀——势必导致大规模的种族暴乱在整个马来西亚爆发（当时的英国报纸已将李光耀视为马来西亚万华人的领袖）；但作为温和派的东姑经过反复思考，“最后总是得出一个结论：把新加坡与马来西亚的其他部分分开”。日后，东姑回忆道，“新加坡的离开是由于新加坡的总理想当（马来西亚的）总理。”对于新马分家这件事本身，他说：“我己经在早些时候向作为李先生代理人的吴庆瑞先生提到过，唯一的选择是分开……最后的选择对新加坡总理来说，总不是出乎意料的。他是准备而且愿意分开的。”
但李光耀并不愿意分开，就像他自我表白的那样，“我不可能是一个马来人（实际上李光耀的马来语说得比东姑还好），但我可以是个马来西亚人”，他的希望是建立一个包含多元种族的马来西亚。但东姑的决心已定：“我打定了主意，你们走你们的路，我们走我们的路……”
年8月9日上午10时，新马分离议案在马来西亚国会迅速三读通过。几小时后，参议院一致通过该议案。实际上，新加坡是被开除出了马来西亚联邦，新加坡领导人对此始料未及。李光耀向新闻界宣布新加坡独立的时候，“痛苦地哭了，因为他半生为之奋斗的理想破灭了”，他说“对新加坡来说，年8月9日不是什么值得庆祝的日子”。当时外国评论都预测独立后的新加坡将走投无路，连李光耀自己都觉得“我们眼前困难重重，生存机会非常渺茫”。
十五、新加坡坐享马六甲海峡红利
年，新加坡人均GDP突破6万美元，成为全球最富有国家之一，而与新加坡一道海峡之隔的马来西亚，去年人均GDP仅为1万美元，同样是坐守交通要塞马六甲海峡，土地资源更丰富的马来西亚则获益不多。
马六甲海峡对国际海洋交通，地缘政治有多重要已经成为常识之意，实际上，从大航海时代展开画卷，马六甲海峡一直是兵家必争之地，年，东印度公司的莱佛士登陆新加坡，英国人从此开始把新加坡当作在远东的贸易站和战略支撑点，此时距离英国人敲开大清帝国的大门还早20年。
年，海峡殖民地成立，范围包括现在的新加坡，槟城和马六甲，由英国政府直接统治。通过地图，我们可以发现，这三个地点分别在马六甲海峡的两端和中间。从槟城到新加坡，大致就是马六甲海峡的主要部分。槟城和马六甲现为马来西亚联邦的两个州。
实际上，相比新加坡，槟城最初的战略地位更加显著，海峡殖民地的首府最初就设在槟城，直到年后才搬到新加坡。当时槟城的繁荣程度远超新加坡。直到今天，槟城也是相当繁荣的一个城市，是马来西亚第三大城市，仅次于首都吉隆坡和新加坡对岸的新山。马六甲海峡在英殖民地时期，一直是大英帝国开展远东战略的关键要塞，其对马六甲海峡的掌控一直持续到二战前后！
二战后，全球政经秩序重新调整，马六甲海峡归沿岸国家即由马来西亚、印度尼西亚和新加坡三国共管。作为世界上最繁忙的海峡之一，每年通过马六甲海峡的船超过5万多艘，占了世界海上贸易五分之一到四分之一的份额。
年，新加坡被马来亚联邦“踢”出来，被迫独立。独立以后新加坡政府在廉洁和效率方面声名远播，带领新加坡在七八十年代崛起，成为亚洲四小龙之一。然而软件的匹配只是新加坡崛起的一部分原因，坐守马六甲海峡的地缘红利，才是新加坡七八十年经济飞速发展的核心原因。
上世纪60年代，美国实际已经将马六甲海峡作为战略锁定目标进行规划。实际从越南战争开始，新加坡已经开始承担为美军生产战略物资和为作战美军提供娱乐服务的功能。随着新美关系的深入，透过新加坡来控制马六甲海峡已经是世人皆知的事实！
实际上，在新加坡建立樟宜海军基地之处，就提出了让美国军舰使用，还与美国签订了《谅解备忘录补充协定》，新加坡是美国在亚洲最大的军事基地，尤其是根据美新协定，樟宜海军基地为美军第7舰队及其他过往船隻，包括航母等大型船隻，提供后勤补给和维修服务，大幅拓展美国海军第7舰队的控制范围。
利用美军强化自己对马六甲海峡的控制，同时也回报美国在战后七八十年代对新加坡经济发展的扶持，结果是，美国海军舰队可以在24小时内穿过马六甲海峡，进入印度洋、阿拉伯海，到达海湾地区，新加坡所有港口美军舰艇都可以无须事前告知地使用，美国在新加坡部署了最先进的武器装备，只要东南亚发生军事争执，美国只要立刻锁住马六甲海峡，控制整个原油运输系统。
背靠美国这颗大树之余，新加坡国土面积不过平方公里，但国防支出是邻国马来西亚的2倍以上，占新加坡GDP约4.3%，跟军事强国俄罗斯比重差不多，也确保了新加坡可以长期享有马六甲海峡的战略红利。
新加坡必须掌控马六甲海峡，没有马六甲海峡，就没有海上贸易中心，也不会有周围连动的商业和金融产业，只有巩固这个大型船队可以停泊的深水港口，转运免税和手续费，东南亚，东亚与非洲的大宗物资交割地点就只能选择新加坡，而新加坡本身又是自由贸易市场，期货交易和现货交割可以原地完成，这是为何中国期货交易所即使有庞大实体商品市场，但大宗商品交货地很多都在新加坡。
就这样，扼守马六甲海峡的新加坡，以弹丸之地成为全球最富有的国家之一，成为沟通印度洋和太平洋，亚洲和澳洲、非洲的要冲，其中有其历史原因！马六甲海峡是西亚石油运到东亚的重要通道，经济大国日本常称马六甲海峡是其“生命线”。而扼守此地的新加坡一方面是中国航运安全的保障；另一方面是美国实现全球战略的一枚重要棋子，此外，随着印度崛起，它又成了印度维护在印度洋老大地位的第一道屏障。三个大国平衡的焦点就在新加坡，这是新加坡国父李光耀运筹帷幄一生为新加坡挣得的地缘政治遗产！
可以说，战后70年，马来西亚作为同样坐守马六甲海峡的主权国家，能够从这条交通要塞分到的地缘红利少之又少，但是随着一带一路的战略规划，李光耀辞世，美国重返亚洲计划的战略调整，一个全新的秩序正在建立当中！
十六、马来西亚与菲律宾沙巴争端
1、沙巴与苏禄苏丹的渊源
数百年前，沙巴在传统文化语言等方面自成一体，居民来自东南亚各地区，包括今天的马来西亚和菲律宾。不过，当时马来西亚和菲律宾并未建国，因此沙巴在历史上不属于任何主权体系。 到了公元15～16世纪，沙巴成为文莱苏丹国的封地。年，文莱苏丹请求位于菲律宾南部的苏禄国协助镇压国内起义，并在事后将沙巴北部和东部的一部分割让给苏禄苏丹。18～19世纪，英国和西班牙先后介入这些地区，在经过一连串的博弈之后，西班牙最终控制了苏禄群岛。年，苏禄苏丹与英国北婆罗洲公司签约，将沙巴地区转让给北婆罗洲公司。英将沙巴更名为“北婆罗洲”，并且每年向苏禄苏丹及其后裔偿付马元的转让费。由于协议的英文原件丢失，这片土地到底是“割让”还是“租借”，有关各方各执一词。菲律宾声称，苏禄苏丹与英国北婆罗洲公司达成的是“租借”协议，不是“割让”协议，沙巴主权理应归菲律宾所有。英国则根据协议的马来语文本断定沙巴是“割让”而不是“租借”。此后马来西亚一直承袭英方的观点，这也为沙巴争端埋下了伏笔。
2、马菲沙巴争端的发展 二战期间，日军曾经占领了包括沙巴在内的东南亚地区。二战结束后，英国继续统治北婆罗洲，直到年8月31日北婆罗洲取得自治。年9月16日，恢复名称后的沙巴与马来亚、沙捞越和新加坡共同组成独立的马来西亚。同时，马政府每年向苏禄苏丹的继承人支付令吉（约合美元），作为沙巴的租金。 然而，从年起，菲律宾就开始声明对沙巴拥有主权，当时苏禄苏丹继承者也授权菲政府代表其谈判。年8月，联合国秘书长吴丹曾派遣8人小组赴沙巴和沙捞越进行调查，结论是沙巴和沙捞越加入马来西亚既符合联合国的原则，也符合上述两地民众的意愿。一个月后，马来西亚宣告成立，沙巴正式成为马来西亚的一个州。菲律宾政府对此十分气恼，拒不承认马来西亚，并召回驻马来亚联邦的大使。年，菲政府宣布承认马来西亚，但“仍然保留将来对沙巴提出主权要求的权利。”菲要求将沙巴问题提交国际法庭裁决，但被马来西亚拒绝。年9月，菲国会通过议案，宣布沙巴为菲领上，两国因此断绝外交关系。翌年12月，菲马两国宣布复交，但沙巴问题的阴影继续笼罩着两国关系。此后20年里，菲拒不放弃对沙巴的领土要求，马历届总理也从未造访过菲律宾。
3、沙巴主权争议一度搁置 科拉松·阿基诺年当选菲总统后，菲律宾主动表示愿意与马来西亚友好协商解决沙巴问题。年2月，菲通过新宪法，删去旧宪法中有关沙巴“在历史上或法律上属于菲律宾”的辞句。同年8月，菲副总统劳雷尔应邀访马，表示菲将采取具体措施放弃对沙巴的领土要求。菲议会也通过了关于放弃沙巴主权的议案。 不过，菲在表示放弃对沙巴领土要求的同时，也提出了一系列交换条件，包括：菲马签订睦邻友好条约和边界巡逻协定；马不再将沙巴作为支持菲南部穆斯林组织—“摩洛伊斯兰解放阵线”的基地；马应妥善处理涌入沙巴的数十万菲律宾“非法移民”；对苏禄苏丹的后裔继续给予补偿；对菲在沙巴的投资给予优先权等。马政府也对此作出积极回应，与菲方签署了友好条约以及边境联合巡逻和过境协定。 然而，苏禄苏丹的后裔基拉姆家族一直宣称对沙巴拥有主权，并希望菲律宾政府能够帮助他们与马来西亚方面达成承认该家族恢复对沙巴行使主权的正式协议，但菲政府并不认同。因此，对于沙巴主权争议，有专家分析称，“一方面是处于菲律宾南部地区的‘苏禄王朝’对沙巴念念不忘，另一方面是菲律宾政府对苏禄群岛的实际控制，这使得沙巴必然成为一个政治问题，一个历史遗留问题。”
4、沙巴冲突经过年10月，菲律宾政府宣布与“摩洛伊斯兰解放阵线”达成协议，将在菲南部建立一个新的政治实体，取代现有的“棉兰老穆斯林自治区”。然而，一直强调自身存在的苏禄苏丹后裔却认为菲南部地区包括了苏禄王朝原来的土地，而“邦萨摩洛”政治实体计划已将苏禄排除在外，因此决定采取行动“索回土地”，这些行动目标便包括沙巴。年2月12日，约名支持苏禄苏丹贾马鲁尔·基拉姆三世的菲律宾人从菲南部塔威塔威岛乘坐快艇抵达马来西亚沙巴州的拉哈达图镇，索要祖地。事实上，菲南部百姓经常往来于沙巴，但此次这些菲律宾人系有组织而来，其中自称隶属于“苏禄王朝皇家安全部队”的30人还配备了武器。马警方发现后将他们包围，要求其限期离开。武装分子向马来西亚提出两项要求，包括承认“苏禄王朝皇家军队”的地位，以及不得将在沙巴的苏禄人遣返菲律宾。马政府则声称，如果这些武装分子拒绝撤离沙巴，将被马方强制遣返。 在菲武装分子与马警方紧张对峙的同时，两国政府也在积极展开外交斡旋，希望能和平解决对峙局面，避免发生流血冲突。马来西亚内政部长希山慕丁2月16日在记者会上表示，马政府正在进行遣送武装分子回菲律宾的谈判，希望事件能够在“不流血”的情况下得到解决。 菲政府一方面与马方积极协调斡旋，另一方面也在进行劝解，要求苏禄苏丹后裔主动撤离，并威胁菲司法部门将调查他们的非法持械行为。菲总统阿基诺三世公开呼吁苏禄苏丹基拉姆三世将支持者撤出沙巴，避免与马方发生冲突，并扬言要对基拉姆三世及其支持者和同谋采取法律行动。菲国防部长加斯明透露，事发以来，菲武装部队总参谋长保蒂斯塔与马来西亚军方高层一直保持联系，希望尽快解决这起事件，避免造成流血冲突。菲外交部副部长、前驻马来西亚大使何塞·布里兰特斯则亲赴马来西亚，与马政府协调配合，希望能够让沙巴对峙事件尽快和平落幕。
然而，苏禄苏丹基拉姆家族始终拒绝将追随者撤出沙巴，并要求马来西亚政府满足其要求，就苏禄苏丹对沙巴的主权声索问题重新进行谈判。他们还要求马来西亚政府提高租金，并质疑菲政府的立场，最终导致有关各方的外交努力未能如愿。 鉴于谈判磋商未果和局势不断升级，马来西亚调遣武装部队前往沙巴州，与警方协同行动。3月1日，苏禄武装人员从聚集地点向外挺进，马来西亚警方加以制止，导致双方爆发冲突，造成严重伤亡。马方称，苏禄武装人员曾以“诈降陷阱”诱杀两名马警察。3月2日晚，马来西亚一支警察部队又在拿笃附近的仙本那遭到袭击，6名马警察在交火中殉职，另有6名苏禄武装分子丧生。3月5日，马军方地面部队在F-18战斗机和“黑鹰”直升机的支援下，在沙巴实施清剿行动，击溃盘踞当地多日的苏禄武装分子。马来西亚警察总长依斯迈奥玛称，清剿行动达到预期目标，马军警部队无人伤亡。马警方称，截至3月7日，连日冲突已致60人丧生。与此同时，马总理纳吉布宣布在沙巴东海岸设立“特别保安区”，范围涵盖古达至斗湖沿岸，增加5支军警部队的力量，并以拿笃作为指挥中心。他宣称，马来西亚政府将不惜一切确保沙巴的安全和捍卫沙巴主权，直至苏禄武装人员无条件缴械投降为止。
十七、马来西亚与“一带一路”战略
整个东南亚都位于中国一带一路战略规划当中，尤其以马六甲海峡，作为海上丝路的必经之地，新马在中国一带一路战略规划中占有重要地位！年是中马建交40周年，中马两国以最高规格庆祝此事，并向马来西亚租借了一对国宝大熊猫。年，在博鳌论坛上，中国最高领导人与纳吉布会面表示：“中马关系正处于历史上最好时期，双方一起推动各领域务实合作，成功应对突发事件挑战。”国家战略部署之下，中马关系迅速升温。
从年底开始，中马关系开始朝密切合作的方向发展，合作项目大幅增加并快速落地。去年底，中马两国还将中马关系提升至全面战略伙伴关系，落实到具体合作领域，均有重大突破：
第一：中马海上安全进行合作。马方允许中国海军船只使用马来西亚东部地区哥打基纳巴卢港作为“中途停留的地点”，并且以这种形式的合作来“加强两国之间的国防关系”。这意味着，中美在马来西亚使用同一军港进行补给，与其他国家共用一个亚洲军港，对于美军来说是前所未有的事情。
第二：中铁在吉隆坡建设区域总部。投资20亿美元该中心总部将作为东南亚的区域中心配合整个东南亚的高铁建设项目。
第三，中马加强港口联盟建设。10个中国港口，包括大连、上海、宁波、钦州、广州、福州、厦门、深圳、海南和太仓将与6个马来西亚港口——巴生港、马六甲、槟榔屿、柔佛、关丹和民都鲁进行合作。通过港口联盟合作，提升马来西亚港口软件建设，同时通过联盟将需要在新加坡中转的中国大宗商品直接在马来西亚的港口与中国港口对接，让和新加坡一样坐守马六甲海峡的马来西亚同样享受地缘红利。
第四、马来西亚首次向中国采购军舰。马来西亚总理纳吉布访华前，透露将和中国“首次签重要防务协议”，激起了外界尤其是西方媒体的“无限联想”。年11月2日，在和中国总理李克强会谈后，纳吉布总理正式宣布：马来西亚皇家海军将向中国购买4艘滨海任务舰（LittoralMissionShips），这也是马国历史性向中国购买军事装备，是马来西亚国防部一个新的里程碑。
马来西亚计划采购18艘LMS，以取代期目前服役超过40年的炮艇和快速反击艇，9月10日有中国承包商向马来西亚政府提交建议书，建议书中提出的LMS长度大约70米。马来西亚业内人士也建议过向中国购买曾经向阿尔及利亚出口的C28A轻型护卫舰。
第五、中马修建皇京港。年11月18日中国电建集团
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